色谱是一种分离分析手段，分离是核心，因此担负分离作用的色谱柱是色谱系统的心脏。对色谱柱的要求是柱效高、选择性好，分析速度快等。市售的用于HPLC的各种微粒填料如多孔硅胶以及以硅胶为基质的键合相、氧化铝、有机聚合物微球（包括离子交换树脂）、多孔碳等，其粒度一般为3,5,7,10μm等，柱效理论值可达5~16万/米。对于一般的分析只需5000塔板数的柱效；对于同系物分析，只要500即可；对于较难分离物质对则可采用高达2万的柱子，因此一般10~30cm左右的柱长就能满足复杂混合物分析的需要。

　　在选择色谱柱规格时应考虑下列因素：

　　①色谱柱内径：样品的上样要与色谱柱的交叉截面面积相对称，要选择色谱柱的内径要适合于样品的上样量。

　　②填料的粒径：越小的粒径具有越高的柱效，但是价格更高，并且带来更高的柱压，要求设备的硬件具备更高的压力耐受性。在被测组分的色谱峰与其它色谱峰非常靠近时，就需要更高的柱效，此时较小粒径的色谱填料就显得非常有用。相反，越大的粒径则柱效越低，但价格也相对较低，同时对设备的要求也不高。

　　③色谱柱长度：越长的色谱柱具有越高的柱效和更高的样品承载量，但是柱压将会更高，同时分离时间可能会更长。